האמנה משפיעה באופן משמעותי על אופן המיסוי של ישראלים המשקיעים בנדל״ן היווני. להלן ההשלכות העיקריות למשקיע נדל״ן לפי סעיפי האמנה:

• מיסוי הכנסות משכירות נכסים ביוון: לפי סעיף 6 לאמנה, הכנסה שמפיק תושב אחת המדינות ממקרקעין הנמצאים במדינה השנייה ניתן לחייבה במס רק באותה מדינה אחרת. פירוש הדבר שמשקיע ישראלי המשכיר נכס ביוון ישלם מס על דמי השכירות ביוון בלבד, בהתאם לחוקי המס ביוון, ולא יחויב במס נוסף בישראל על הכנסה זו. סעיף ייחודי זה מונע כפל מס על הכנסות שכר דירה ומעניק ודאות למשקיעים המשכירים נכסים ביוון.

• מיסוי רווחי הון ממכירת נכס ביוון: באופן דומה, רווח הון שמפיק תושב מדינה אחת ממכירת מקרקעין במדינה השנייה ממוסה בלעדית במדינה שבה נמצא הנכס. לכן משקיע ישראלי שמכר נכס נדל״ן ביוון ימוסה על השבח והרווחים ביוון בלבד. למעשה, האמנה עם יוון מעניקה לזו זכות מיסוי בלעדית על הכנסות ממקרקעין שבתחומה, בשונה מרוב אמנות המס האחרות. המשמעות היא שאם שיעור המס על מכירת נדל״ן ביוון נמוך מהמס בישראל – או אף אם קיימת ביוון הקלה או פטור ממס שבח – המשקיע לא יידרש לשלם את ההפרש בישראל. למשל, נכון להיום קיימת ביוון הוראת שעה הפוטרת יחידים ממס רווח הון על מכירת נכס שאינה באופי עסקי, כך שמשקיע יחיד עשוי שלא לשלם מס שבח כלל ביוון – וגם לא בישראל, בזכות האמנה. זו הטבה ייחודית של אמנת ישראל–יוון, המגנה על המשקיע מתשלום מס כפול ואף מאפשרת חיסכון מס משמעותי במקרה של הטבות מס ביוון.

• תושבות מס וחבות במס כלל עולמי: ישראל ממסה את תושביה על בסיס הכנסה כלל-עולמית, כלומר כל הכנסה של תושב ישראל חייבת במס בישראל אף אם הופקה בחו״ל. עם זאת, אמנת המס כוללת כללי "שובר שוויון" במקרה שאדם נחשב לתושב בשתי המדינות. לפי מבחני האמנה, קובעים את התושבות על-פי מרכז האינטרסים החיוניים של היחיד, מקום בית הקבע שלו, מקום מגוריו הרגיל, האזרחות ובמידת הצורך בהסכמה בין המדינות. למשל, משקיע שעובר לגור חלק מהשנה ביוון עלול להיחשב תושב שתי המדינות; האמנה מגדירה קריטריונים ברורים כדי לקבוע לאיזו מדינה זיקה חזקה יותר לצורכי מס. בדרך זו נמנעת כפילות במעמד התושב לצורכי מס, וכל מדינה תמסה את המשקיע רק אם הוא נחשב תושב יחיד שלה בהתאם למבחנים הללו. חשוב לציין שאמנה זו אינה מעלימה את החובה לדווח על הכנסות – משקיע חייב לדווח לרשות המסים בישראל על הכנסותיו הגלובליות (ואם הוא תושב גם ביוון, אז גם שם), אך האמנה מונעת מצב שבו שתי המדינות גובות מס מלא על אותה הכנסה.

• דיווידנדים והכנסות פיננסיות נוספות: האמנה מתייחסת גם לחלוקת רווחים מסוגים אחרים. דיבידנדים שמשולמים על-ידי חברה יוונית לתושב ישראל יכולים להיות ממוסים בשתי המדינות: יוון רשאית לנכות מס במקור בעת תשלום הדיבידנד, ולאחר מכן ישראל רשאית למסות את יתרת ההכנסה בהתאם לחוקיה (תוך מתן זיכוי על המס ששולם ביוון). למעשה, בהתאם לאמנה ולדין הפנימי ביוון, ניכוי המס במקור מדיבידנד שמחולק מתאגיד יווני לתושב ישראל הוא בשיעור של 5% בלבד. שיעור נמוך זה (מהנמוכים באירופה) מקל על משקיעים לקבל רווחים מחברות ביוון. עם זאת, המשקיע הישראלי עדיין עשוי לשלם בישראל את ההפרש עד לשיעור המס הישראלי על דיבידנדים (בדרך כלל 25% על דיבידנד ליחיד בישראל), כך שמסי הדיבידנד הכוללים יגיעו בסופו של דבר לשיעור המס הישראלי הרגיל – אך בזיכוי מלא של ה-5% שנוכו ביוון. ריבית שמשולמת מיוון לישראל (למשל ריבית על הלוואה או איגרת חוב יוונית שבידי משקיע ישראלי) אף היא נהנית מתקרת מס מופחתת במקור: על פי האמנה, מדינת המקור (יוון) רשאית למסות תשלומי ריבית בשיעור של עד 10% בלבד ולא יותר. גם במקרה זה ישראל כמדינת התושבות תיתן זיכוי על מס הריבית שנוכה ביוון, כך שהמשקיע לא ישלם כפל מס על ריבית. תמלוגים (Royalties) שמקורם ביוון גם כן מוגבלים למס במקור של עד 10% ביוון, לפי תנאי האמנה. סעיפים אלו באמנה בנוגע להכנסות פסיביות נועדו לאזן בין זכות המיסוי של מדינת המקור לבין זכות המיסוי של מדינת התושבות, ולוודא שהנישום לא יישא ביותר מס ממה שהיה משלם במדינתו. עבור מרבית המשקיעים בנדל״ן, המשמעות העיקרית היא הקלה במיסוי דיבידנדים וריביות במקרים שבהם הם מקבלים הכנסות נוספות מהשקעותיהם (למשל, רווחים מחברה בחו״ל או ריבית על כספים).